Folgende Gremien und Arbeitskreise arbeiten unter dem Dach der FAH:
Wissenschaftlicher Ausschuss
Arbeitskreis „Galenik / Pharmazeutische Technologie”
Arbeitsgruppe „Arzneipflanzenanbau”
Arbeitskreis „Analytik und Hygiene”
Arbeitsgruppe „Diskussionsforum Rohstoffquellen Homöopathie”
Arbeitsgruppe „Regulatory Affairs (Herbal and Chemical Medicinal Products)”
Arbeitsgruppe „Proaktive F&E im Zeitalter der Digitalisierung”
sowie weitere projektbezogene Arbeitsgruppen und projektbegleitende Ausschüsse